L’aspetto attuale della chiesa è dovuto agli interventi del barocco eseguiti negli anni venti del XVII secolo. L’oratorio si trova nel presbiterio dietro l’altare maggiore a conclusione dell’ampia navata centrale. L’oratorio è il luogo di preghiera per la liturgia delle ore. Il coro ligneo dell’oratorio risale alla fine del secolo XV o agli inizi del secolo XVI –è stato restaurato negli anni 2000–2005.
Oltre all’altare maggiore la chiesa ha ancora sei altari laterali. Partendo dall’entrata verso sinistra, incontriamo come primo l’altare del nome di Cristo. La pala originaria è tra le opere d’arte che ancora si trovano in Italia. Nella cappella laterale c’è l’altare di S. Antonio di Padova con la pala d’altare, opera di Pietro Bellotti. Sulle pareti e nelle nicchie della cappella sono riprodotte immagini della vita di San Antonio, sotto la cupola i quattro evangelisti. Chiude la parte sinistra della navata l’altare della Madonna di Lourdes.
L’altare maggiore è privo del polittico originario di Cima da Conegliano, la Madonna col bambino e santi, che si trova in Italia. Sul polittico, tra i santi raffigurati, c’e anche Sant’Anna, patrona della chiesa e madre della Vergine Maria. La festa di Sant’Anna si celebra il 26 luglio assieme alla festa di suo marito San Gioacchino. Sulla parete a sinistra dell‘altare maggiore c‘è la bellissima pala della Madonna e Sante interceditrici nella malattia: Santa Maddalena, Santa Caterina d’Alessandria, Santa Apollonia e Santa Lucia.
La parte destra della navata termina con l’altare della Lamentazione sul Cristo morto. Anche questo altare è privo della pala originaria. Sul lato destro della chiesa, in direzione dell’uscita, incontriamo l’altare di Sant’Andrea, protettore della confraternita dei pescatori che qui aveva sede. L’ultimo altare laterale e dedicato al frate minore San Diego. Su questo altare fino alla Seconda guerra mondiale era collocato il reliquiario con le ossa di Beato Monaldo da Capodistria. Lungo le pareti della navata sono disposte le 14 stazioni della via crucis, opera eseguita da Lorenzo Pedrini nel 1746. Sopra l’entrata c’è il coro con organo, opera eseguita dal veneziano Francesco Merlini nel 1805. È uno dei pochi organi veneziani con disposizione originale delle canne. Durante la Prima guerra mondiale, secondo le disposizioni delle ordinanze sulla requisizione degli strumenti metallici e campane a scopi bellici, l’organo sarebbe sicuramente andato perduto se il padre Giacinto Repič (1863-1918) non lo avesse difeso con tanta tenacia e ostinazione. Il padre Giacinto ha inoltre il merito di aver ottenuto il permesso per la venerazione di B. Monaldo e il trasferimento delle sue osse nella chiesa di S. Anna. Nella chiesa sono esposte anche le insegne per la processione e i busti dei protettori delle varie confraternite come pure i fanali da processione.
