La presenza francescana a Capodistria risale agli inizi dell’Ordine. I primi frati giunsero in città dopo la morte di San Francesco. San Antonio di Padova si soffermò in città nel 1229. Le fonti scritte conosciute denotano la presenza dell’Ordine del “Poverello d’Assisi” sin dal 1264, quando il vescovo di Capodistria permise ai francescani l‘erezione di una nuova chiesa, al posto della vecchia in cattive condizioni.
L’attuale chiesa risale al 1492, allorchè Antonio Almerigotto, nobile di Capodistria, e sua moglie Chiara donarono il terreno per la fabbricazione della nuova chiesa e del convento. L‘opera si concluse a natale del 1513. La chiesa è stata ristrutturata nel 1627, mentre il convento nel 1644.
Fin dagli inizi il convento di Capodistria fu destinato ad essere una casa di formazione, per cui istituì gli studi di teologia e di filosofia. Nel secolo XVIII divenne “scuola generale” conferendo il titolo di studi lettore di teologia, riconosciuto in tutto l’Ordine.
Il convento di S. Anna faceva parte della Provincia dalmata di S. Girolamo, con sede a Zara fino al 1924, quando in seguito al trattato di Rapallo venne incluso nella Provincia di S. Antonio con sede a Venezia. Nel 1953 la Provincia di S. Girolamo e la Provincia di S. Croce scambiarono i conventi di Pisino e Capodistria. Da allora il convento di Capodistria è sotto la giurisdizione dei frati minori sloveni. Sei mesi dopo lo scambio, il convento fu nazionalizzato e trasformato in istituto penitenziario. Ai frati furono lasciati la chiesa e un rifugio nei pressi della sagrestia.
Nel 2004 l‘istituto penitenziario lascia il convento e i frati minori iniziarono coi lavori di ristrutturazione nel 2006, che si conclusero nel 2008. Nel convento ora risiedono i frati e gli studenti della casa dello studente Sidro e del Centro Rotunda - centro sociale del Litorale.
