Prisotnost frančiškanov v Kopru sega v same začetke reda manjših bratov (Ordo fratrum minorum – OFM). Prvi redovniki so prišli v mesto že kmalu po smrti ustanovitelja sv. Frančiška Asiškega. Verjetno ga je leta 1229 obiskal sv. Anton Padovanski in tukaj ustanovil prvo skupnost bratov. Doslej znani zapisi omenjajo red »asiškega ubožca« v Kopru leta 1264, ko je koprski škof dovolil manjšim bratom, da zgradijo novo cerkev, ker je stara v slabem stanju.
17. septembra 1492 sta koprski plemič Antonio Almerigotto in njegova soproga Chiara podarila patru Bernardinu z Raba, provincialnemu vikarju dalmatinske province observantov, zemljišče za gradnjo nove cerkve in samostana v Kopru. Na zemljišču, ki sta ga podarila, pa je že stala manjša cerkev sv. Marije Magdalene, kjer so bili nastanjeni frančiškani tretjeredniki, imenovani tudi glagoljaši, znani po slovanskem bogoslužju, ki ga je uvedel sv. Ciril z učenci in odobril papež Hadrijan II. leta 868. Tretjeredniki so se umaknili k cerkvi sv. Gregorja, ki je bila v severozahodnem predelu mesta, imenovanem Zubenaga. Cerkev sv. Gregorja so prej uporabljali frančiškani observanti, bila pa je last frančiškank sv. Križa iz Benetk. Po vseh zamenjavah in pridobljenih soglasjih so prvotno cerkev in samostan začeli graditi leta 1493, skupaj s samostanom pa je bila dokončana in opremljena do leta 1513. Iz listine, datirane v leto 1644, je razvidno, da je bil samostan v tem času popravljen. Od vsega začetka je bil določen za vzgojno hišo (dolga leta je bil tu noviciat dalmatinske province), zato sta bila v njem živa študij teologije in filozofije. V 18. stol. je dobil naziv generalnega učilišča in je lahko podeljeval naziv lektor teologije, ki je bil priznan v vsem redu.
Prvotna cerkev je bila dokončana in opremljena do zime leta 1513, ko je bila izdelana tudi oltarna podoba Cime da Conegliana in Vittoreja da Feltreja in nameščena na glavni oltar. Cerkev je bila veliko manjša od današnje. Kakšno desetletje je bila njena zavetnica sv. Marija Angelska – kakor v Porciunkuli na polju pod Assisijem, kjer je rojstni kraj frančiškanskega reda. Še pred dokončanjem pa so zavetnika zamenjali, tako da je cerkev posvečena sv. Ani. Današnja cerkev je bila dograjena leta 1627, potem ko so z obnovitvenimi deli začeli leta 1620.
