Samostan je do 1920 pripadal frančiškanom dalmatinske province sv. Hieronima s sedežem v Zadru. Takrat so ga v skladu z Rapalsko pogodbo prevzeli italijanski frančiškani beneške province. Po drugi svetovni vojni je samostan v Kopru pripadal zadarski provinci, samostan v Pazinu pa slovenski frančiškanski provinci sv. Križa.
Na prošnjo provincialnih vodstev obeh provinc je generalna uprava frančiškanskega reda 20. 03. 1953 odobrila zamenjavo samostanov, saj je »prebivalstvo v Kopru večinsko slovensko in v Pazinu večinsko hrvaško«. Leto zatem (22. oktobra 1954) je ljudska oblast samostan nacionalizirala in v njem uredila zapore, v katerih so bili sprva nastanjeni večinoma politični zaporniki. Frančiškani so si poiskali zavetje v pomožnih prostorih na drugi strani cerkve, ki so jo smeli še naprej uporabljati, a so poslej zelo težko opravljali redna vzdrževalna dela.
Po osamosvojitvi Slovenije je provinca vložila zahtevo za vrnitev podržavljenega samostana. Z delno odločbo o denacionalizaciji iz leta 1997 je bil samostan frančiškanom vrnjen v last, v posest so ga vzeli leta 2004, ko so se zapori preselili v novo zgradbo na Ankaranski cesti.
Fotografije samostana ob vrnitvi v posest leta 2004.
