Frančiškani so vseskozi gojili študij tako teologije kakor tudi drugih znanosti. Zato so že od vsega začetka nadvse cenili in hranili knjige. Knjižnici v Kopru je posvetil veliko časa p. Hijacint Repič (1863–1918), ki je prečistil in dopolnil katalog. Knjižnica je v njegovem času imela okoli 12.000 zvezkov, hranila pa je tudi 59 inkunabul in 83 redkih, dragocenih knjig. Slednje so frančiškani beneške province po naročilu italijanskih oblasti skupaj s katalogom odnesli v Benetke med leti 1942 in 1944.
Po letu 1948 je država Jugoslavija takratno knjižnico prepeljala v zbirni center v Portorožu, kasneje pa v sedanjo Osrednjo knjižnico Srečka Vilharja v Kopru. Ta je del knjižničnega fonda zadržala, preostanek (predvsem dela verskega značaja) pa je na večkratno prošnjo frančiškanov leta 1977 vrnila k cerkvi sv. Ane. Tu ga je ohranil p. Atanazij Kocijančič, ki je knjigam odstopil svoj bivalni prostor. Knjižnični fond je bil v času, ko je potoval med zbirnim centrom in osrednjo knjižnico ter nato nazaj k sv. Ani, tarča napadov in ropanj »vnetih zasebnih zbirateljev«. Od časa do časa se kakšen tak zbiratelj opogumi in knjige, ki so po spletu zgodovinskih okoliščin prišle v njegove roke, vrne na njihovo izvorno mesto – v samostan. Hvaležni smo vsem tem, pa tudi tistim, ki bodo to še storili.
